从河湖长制实施以来，巴中市一直非常注重基层治理这个神经末梢，构建政府主导、村级实施、村民参与的村级河道日常管护体系，守护好河网水系的“毛细血管。
摸清“家底”。以县（区）水行政主管部门为主体、农村河流为单元，启动农村河流划界工作，全面排摸全市流域面积在50平方公里以下的1000余条河流或溪沟的名称、起止点、流域面积、水情水质等基础信息，分类分步录入省、市河湖长制监管平台，逐步完善河流监管体系。
配齐“管理员”。按区域设立基层河段长1860名，鼓励村民行使民主权利，推选198名农村“河道监督员”，河湖沿线乡镇（街道）推选98名居住在本辖区的人大代表或政协委员担任“河（湖）长制监督员”，涉河村（居）落实1354名巡查员、2886名保洁员常态化巡河护河问河，充分发挥基层治水能力。
常态“治污”。按照河道管理辖区负责要求，压实乡（镇）、村（社区）管护责任，将农村水环境治理纳入乡村河长制工作任务和基层河段长巡河问河范畴，持续开展清河护岸净水保水四项行动和农村人居环境治理五大行动，同步在沿河农村聚居点建设污水、垃圾收集处理设施。截至目前，已登记清理入河排污口321处，关停整治81处，全市122个建制乡镇已全面建成污水处理站，年减少1300余万吨污水直排入河。